ইকরা একাডেমিতে শিক্ষার্থীর বয়স, শ্রেণি ও শিক্ষাগত স্তর অনুযায়ী ইসলামী ও সাধারণ শিক্ষার সমন্বয়ে পাঠ্যক্রম সাজানো হয়েছে। প্রাথমিক স্তর থেকেই কুরআন, ইসলামিয়াত, আরবি ভাষা ও সাধারণ শিক্ষার ভিত্তি সুদৃঢ় করার পাশাপাশি ধাপে ধাপে বিজ্ঞান ও বাংলাদেশ ও বিশ্বপরিচয়ের মতো বিষয় অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।